Осознавая необходимость коренных улучшений в антивирусных комплексах для Microsoft Exchange, и не получая в этом начинании поддержки от Microsoft, производители антивирусных средств были вынуждены искать другие пути решения проблемы. Таким путем стало использование Extensible Storage Engine (ESE) API. Впервые ESE сканер был разработан компанией Sybari. Изначально, ESE планировался как инструмент для производителей систем резервного копирования и предоставлял доступ ко всем объектам, доставляемым или извлекаемым из Information Store.
Это позволило снять множество ограничений и проблем, связанных с MAPI-сканерами - проблема увеличения нагрузки на сервер была решена за счет того что письмо проверялось, и проверялось единожды, еще до поступления в Information Store. Невозможность проверки исходящих сообщений также была решена в ESE-сканерах - все исходящие из IS почтовые сообщения могут быть проверены. Естественно, за счет иного подхода была решена и проблема с получением пользователем зараженного письма без проверки - непроверенные письма попросту не попадали в IS. Проверка по требованию также производилась при помощи ESE, таким образом оставляя все преимущества, предоставляемые Single Instance Storage.
Основными недостатками ESE сканеров были: